Кристиан родился 8 апреля 1818 года в Готтрупе, Дания. После смерти датского короля Фредерика VII 15 ноября 1863 года он стал его преемником. Его официальный титул: король Дании, вендов и готов, герцог Шлезвига, Гольштейна, Стормарна, Дитмаршена, Лауэнбурга и Ольденбурга. Вместе со своей женой Луизой Гессен-Кассельской он основал Глюксбургскую линию, которая и сегодня обеспечивает датских наследников престола. Король Кристиан IX умер 29 января 1906 года во дворце Амалиенборг в Копенгагене.

Во время совместного визита с королем Швеции и Норвегии Оскаром II он подписал Золотую книгу города Висбадена 14 мая 1902 года.