Christian nació el 8 de abril de 1818 en Gottrup (Dinamarca). Tras la muerte del rey danés Federico VII, el 15 de noviembre de 1863, le sucedió. Su título oficial era: Rey de Dinamarca, los Wends y los Godos, Duque de Schleswig, Holstein, Stormarn, Dithmarschen, Lauenburg y Oldenburg. Junto con su esposa Luisa de Hesse-Kassel, fundó la línea de los Glücksburg, que aún hoy proporciona los herederos daneses al trono. El rey Christian IX falleció el 29 de enero de 1906 en el palacio de Amalienborg de Copenhague.

Durante una visita conjunta con el rey Óscar II de Suecia y Noruega, firmó el Libro de Oro de la ciudad de Wiesbaden el 14 de mayo de 1902.