Крістіан народився 8 квітня 1818 року в Готтрупі, Данія. Після смерті данського короля Фредеріка VII 15 листопада 1863 року він став його наступником. Його офіційний титул: Король Данії, Вендів і готів, герцог Шлезвігу, Гольштейну, Стормарну, Дітмаршену, Лауенбургу та Ольденбургу. Разом зі своєю дружиною Луїзою Гессен-Кассельською він заснував Глюксбурзьку лінію, яка і сьогодні забезпечує данських спадкоємців престолу. Король Крістіан IX помер 29 січня 1906 року в палаці Амалієнборг у Копенгагені.

Під час спільного візиту з королем Швеції та Норвегії Оскаром II 14 травня 1902 року він підписав Золоту книгу міста Вісбаден.