Wiesbaden, una gran ciudad de unos 270.000 habitantes, ofrece hábitats muy diversos para la flora y la fauna. Sólo una cuarta parte de la superficie de la ciudad es urbana, pero tres cuartas partes están formadas por otros paisajes. Entre ellos figuran paisajes fluviales y de llanuras aluviales a lo largo del Rin, algunos de los cuales están protegidos de forma natural, tierras agrícolas con una elevada proporción de huertos y viñedos y grandes extensiones de bosque. Climáticamente, Wiesbaden se caracteriza por temperaturas medias anuales elevadas y precipitaciones muy escasas. Con 9,5 - 10,0 °C y 550 - 650 mm, los distritos de la parte baja se encuentran entre las zonas más cálidas de Hesse y con menos precipitaciones. El centro de la ciudad se caracteriza, entre otras cosas debido a su larga tradición como balneario, por un elevado y en parte muy antiguo arbolado, numerosas avenidas y varios parques y cementerios, algunos de ellos con plantas exóticas. Los extensos bosques del Taunus, que bordean Wiesbaden por el norte, alcanzan alturas submontanas de hasta 618 metros sobre el nivel del mar en algunos lugares dentro de los límites de la ciudad (Hohe Wurzel).

El clima ya relativamente cálido de la cuenca de Maguncia y del Rheingau, así como la calefacción urbana, favorecen el establecimiento de especies amantes del calor, originariamente mediterráneas o pónticas (sudeste de Europa), en las partes de la ciudad próximas al Rin. En cambio, las zonas boscosas del Taunus ya son bastante más frescas y tienen más precipitaciones, por lo que constituyen un hábitat para animales característicos de latitudes templadas o que requieren biotopos de humedales (como los anfibios). Mientras que en Wiesbaden, al igual que en las zonas urbanas de las grandes ciudades en general, existe una riqueza de especies bastante elevada, los paisajes agrícolas y forestales de los alrededores, con una utilización mayoritariamente intensiva, son comparativamente pobres en especies debido a que el barbecho y los nichos ecológicos están fuertemente suprimidos. Sin embargo, Wiesbaden también cuenta con algunos biotopos muy valiosos, como huertosfrutales y laderas montañosas secas y cálidas parcialmente en barbecho, así como varias reservas naturales.

En el núcleo urbano, muchos animales se benefician de diversos factores favorables: jardines, cementerios y parques ofrecen hábitats protegidos, lugares de nidificación y alimento. Además, existe una gran oferta de alimentos debido a la sociedad de usar y tirar y una gran variedad de biotopos que pueden desarrollarse, por ejemplo, en terrenos industriales baldíos y en jardines "mal" cuidados. Esto compensa con creces los aspectos indudablemente negativos de los hábitats urbanos, como el tráfico rodado, la contaminación y el aislamiento de los biotopos. Las abejas melíferas rinden más gracias a la gran cantidad de plantas en flor, y zorros, gaviotas, cigüeñas, aves rapaces y cuervos, por ejemplo, se observan con regularidad en los vertederos de la cantera Dyckerhoff debido al rico suministro de alimentos. Animales como la llamativa chinche de fuego, de colores negro y rojo, también se encuentran con mucha más frecuencia en las zonas urbanas que en el campo.

Entre los residentes permanentes de la ciudad también hay algunas especies animales exóticas y raras, como los inconfundibles periquitos de collar y la tímida serpiente Esculapio. También hay un gran número de especies animales autóctonas, entre ellas numerosas especies en peligro de extinción. Éstas encuentran hábitats adecuados en la zona urbana de Wiesbaden, pero también se benefician en muchos lugares de medidas específicas de protección y colonización por parte de iniciativas como la comunidad de cigüeñas de Schierstein, así como de asociaciones y autoridades de conservación de la naturaleza. El Rin y los paisajes de las llanuras aluviales, algunos de los cuales se han renaturalizado y están protegidos, son una de las razones por las que hay un número especialmente elevado de aves y animales acuáticos entre las especies amenazadas que viven en Wiesbaden.

A lo largo del Rin se ven a menudo garzas reales y los milanos negros, estrictamente protegidos, en busca de comida, lo que sin duda indica cierta abundancia de peces. Incluso sin conocer bien las especies, pronto se dará cuenta de otra característica especial de la fauna de Wiesbaden: las numerosas cigüeñas blancas, cuyos nidos se encuentran sobre todo entre Schierstein y Walluf. Las cigüeñas se extinguieron en Wiesbaden, como en todo Hesse, a lo largo del siglo XX. Desde 1972, los ciudadanos de Schierstein, organizados en la Storchengemeinschaft Schierstein e.V., intentan reintroducir cigüeñas blancas. Tras los fracasos iniciales, ya a mediados de los años setenta se lograron los primeros éxitos de cría. Esto se debió en parte al hábitat fundamentalmente favorable, pero también se basó en el intercambio de experiencias con otros proyectos de reintroducción y, no menos importante, en el apoyo de la empresa de servicios públicos de Wiesbaden (ESWE Versorgungs AG), que facilitó el extenso lugar de extracción de agua entre Schierstein y Walluf, que no estaba abierto al público. Las cigüeñas encuentran allí refugio, además de abundantes fuentes de alimento y numerosos lugares artificiales para anidar. Tras un desarrollo inicialmente lento hasta unas nueve parejas reproductoras en 1997, se ha observado un aumento significativo desde entonces, con 18 parejas reproductoras y unos 80 individuos en 2012. Los nidos pueden encontrarse ahora no solo en chimeneas y lugares de nidificación artificiales y naturales, sino también varias veces y de forma visible desde lejos en algunas torres de alta tensión de la zona de Schierstein, algunas de las cuales deben soportar varios nidos a la vez.

Aún se desconocen las razones del fuerte aumento de cigüeñas, para el que ya no son necesarias medidas adicionales como la alimentación y el mantenimiento de cigüeñas terrestres no voladoras. Probablemente se vea favorecido por el buen suministro de alimentos en los paisajes de llanura aluvial a lo largo del Rin, que proporcionan a las cigüeñas un hábitat natural.

Sin embargo, también puede haber otras razones, como el desplazamiento desde otras zonas de cría.

La desaparición de algunos reproductores terrestres como el bisbita arbóreo (Anthus trivialis) y la lavandera boyera (Motacilla flava) está asociada al número relativamente elevado de cigüeñas en una zona reducida. Las instituciones responsables de la protección de las aves también se muestran bastante críticas con el asentamiento de cigüeñas en Schierstein por tratarse de una población con un comportamiento antinatural y porque otras especies se ven amenazadas o desplazadas.

Los parques de la ciudad y su elevada población arbórea constituyen un buen hábitat para numerosas especies de aves autóctonas, pero también para inmigrantes como los periquitos exóticos o el ganso egipcio (Alopochen aegyptiacus).

Incluso animales antes tímidos de los bosques, como el mirlo, se han adaptado a la vida en las ciudades y las colonizan ampliamente. Otro ejemplo es la frecuente presencia del zorro rojo. Estos animales nocturnos, que se alimentan principalmente de ratones, pero también de lombrices, fruta y, por último, pero no por ello menos importante, basura, se observan con regularidad en zonas urbanas, por ejemplo en el cementerio del sur.

Otras especies animales, algunas de las cuales se han vuelto raras en Alemania y están bajo protección, también viven en la ciudad, como el lirón careto (Muscardinus avellanarius), pariente pequeño del ratón casero, el caballito del diablo de alas azules (Calopteryx virgo) o el caballito del diablo (Ischnura pumilio), así como al menos otras cuatro especies de libélulas. La polilla del aligustre (Sphinx ligustri), una de las mariposas más grandes de Europa con una envergadura de 80 a 120 mm, también encuentra su hábitat en Wiesbaden debido a los setos de aligustres, relativamente frecuentes.

Murciélagos domésticos como el murciélago orejudo gris (Plecotus austriacus), que tiene su centro de distribución en el cálido valle del Rin, se encuentran regularmente en Wiesbaden. Estas y otras nueve especies de murciélagos, algunas de ellas raras, han sido documentadas para Wiesbaden por el Grupo de Trabajo para la Conservación de los Murciélagos, comprometido con la conservación de los murciélagos desde 1983.

El estudio parcial para el plan paisajístico de 2010 subrayó la importancia de los prados de huerta como hábitat especialmente rico en especies y digno de protección, sobre todo para la fauna silvestre. Los prados de frutales son bastante comunes en Wiesbaden y en el citado estudio se identificó una gran diversidad de especies, especialmente de muchas especies en peligro de extinción y protegidas. Por ejemplo, sólo en una zona de huertos cercana a Breckenheim se identificaron 32 especies diferentes de mariposas. La amplia distribución del colirrojo tizón (Phoenicurus phoenicurus), clasificado en peligro de extinción y especie característica de este tipo de biotopo, subraya también la importancia de las praderas de frutales para la conservación de especies. Su aislamiento se considera crítico para la protección sostenible de los hábitats de especies raras y protegidas.

Los numerosos arroyos que bajan del Taunus a través de bosques, campos y ciudades hasta el Rin representan otro hábitat importante para los animales. Debido a la acidificación, la utilización intensiva del agua, el vertido de aguas residuales y la obstrucción, muchos arroyos se han visto y siguen viéndose privados en gran medida de sus funciones ecológicas. Muchos arroyos están siendo renaturalizados gradualmente por la Agencia de Medio Ambiente y con el apoyo de muchos ciudadanos y asociaciones comprometidos con la protección del medio ambiente. Por ejemplo, la renaturalización y acondicionamiento de la parte del valle del Wellritz adyacente al centro de la ciudad como parque paisajístico ya está muy avanzada. En el curso de los esfuerzos de renaturalización, también se han realizado en las últimas décadas estudios detallados de la fauna indicadora de la calidad del agua. En la mayoría de los arroyos se han identificado muchas especies indicadoras de la calidad del agua, como los caddisflies (Silo pallipes) o los camarones de agua dulce (Gammarus fossarum), al menos en los tramos superiores. Algunas especies de la Lista Roja, como los caracoles de río (Ancylus fluviatilis), también se encuentran en muchos arroyos. También se han registrado poblaciones de peces, como la trucha común en los arroyos Dambach, Klingenbach y Goldsteinbach, así como el espinoso espinoso en varias ocasiones.

Los reptiles y anfibios son especialmente frecuentes en las zonas más frescas y boscosas del norte de la ciudad. Además, algunas especies de reptiles especialmente termófilas (lagarto de muro y culebra de Esculapio) también encuentran hábitats adecuados en biotopos más cálidos y bajos, por ejemplo, los viñedos cercanos a Frauenstein. Se dispone de información relativamente fiable sobre la presencia tanto de reptiles como de anfibios, en particular a partir de los resultados del estudio parcial para el plan de ordenación del territorio con datos de 2009 y una cartografía de 1996/97. Los anfibios más comunes en Wiesbaden son la rana bermeja (Rana temporaria) y el sapo común (Bufo bufo); tampoco son infrecuentes las salamandras de fuego (Salamandra salamandra). Al igual que en el Rheingau, todas las especies mencionadas se han encontrado casi exclusivamente en biotopos predominantemente boscosos de la ciudad de Wiesbaden, mientras que casi no ha habido hallazgos cerca del Rin. También se han encontrado varias especies de tritones (Triturus spec.) con un área de distribución similar.

Las aguas de desove de varias especies de anfibios se encuentran en el valle de Goldstein y otras zonas ricas en agua. Aquí, como en otros lugares, se intenta salvaguardar la diversidad de especies con medidas activas como la erección de vallas protectoras para la migración de los sapos o la preservación de las aguas de desove.

Varias especies de reptiles son autóctonas de los bosques de Wiesbaden. Las serpientes de hierba y los gusanos lentos son los más comunes, seguidos del lagarto común (Zootoca vivipara) y la culebra de Esculapio. La lagartija de arena (Lacerta agilis) es muy común en zonas urbanas y cercanas al Rin, mientras que la lagartija mural (Podarcis muralis) se ha encontrado principalmente en un muro de piedra natural en el sureste de la ciudad y debe considerarse una especie en peligro de extinción.

El Taunus alberga grandes animales de caza y otros numerosos mamíferos. Entre ellos destacan el ciervo rojo (Cervus elaphus), el mayor animal salvaje de la zona urbana, el corzo (Capreolus capreolus), la especie de ciervo europea más común, y numerosos jabalíes (Sus scrofa), que a menudo se aventuran en parques y jardines en busca de comida. Ciervos volantes, gatos monteses, culebras lisas, milanos negros y rojos, halcones arbóreos, halcones peregrinos, cigüeñas negras y búhos reales son algunas de las raras especies animales autóctonas de los bosques de la región y cuya gestión regional ha asumido la oficina forestal de Wiesbaden-Chausseehaus en el marco de la red europea de conservación de la naturaleza NATURA 2000. Esto incluye también un cinturón de viejos bosques de hayas en el borde del área urbana de Wiesbaden. Además, en la zona de la oficina forestal se observan ocasionalmente linces, los mayores felinos de presa de Europa.

La oficina forestal de Wiesbaden-Chausseehaus también se ha hecho cargo del apadrinamiento de la culebra esculapio y el halcón abejero y ha puesto en marcha una serie de medidas para fomentarlos. Se han ampliado y desbrozado praderas forestales, se ha eliminado la vegetación de antiguas canteras y se han embalsado pequeñas masas de agua temporales.