Построенная в 1852-1862 годах, Маркткирхе является самой старой из четырех протестантских церквей в центре города, которые строились вплоть до Первой мировой войны, и в 2012 году отметила свое 150-летие. Она стала преемницей старой Мавританской кирхи, сгоревшей 27 июля 1850 года, чье происхождение восходит к раннему Средневековью.

26 января 1851 года приход поручил строительному советнику из Нассау Карлу Боосу найти место для строительства новой "главной протестантской церкви". Он предложил три варианта: 1. виноградник за Шютценхофом, 2. нынешнее место на Нойер Маркт, позднее Шлоссплатц, 3. старое место на нынешней Маврикийплатц. Однако последний вариант был исключен, так как участок был недостаточно велик для строительства нового здания, ведь число жителей Висбадена выросло с 2500 человек в 1800 году до 13 000 в 1850 году, большинство из которых были христианами-протестантами. Церковный совет принял решение в пользу нынешнего местоположения: шесть голосов мирян против пяти голосов духовенства. Духовенство и сам Боос отдавали предпочтение Вайнбергу, где, по их мнению, церковь занимала бы отличное место и доминировала над городом. Однако миряне предпочли более удобное расположение в центре города.

Поскольку Карл Боос был уже так известен благодаря строительству министерского здания, он получил прямой контракт и практически свободный выбор архитектурного проекта церкви. Однако "акустически проверенная форма базилики" и высокая башня были необходимы, чтобы подчеркнуть "достоинство церкви как национального собора". Его планы были утверждены 14 января 1852 года, а в марте 1852 года начались работы по закладке фундамента. Первый камень был заложен герцогом Адольфом фон Нассау 22 сентября 1853 года, внутренние работы были завершены в 1857 году, а новая церковь была освящена 13 ноября 1862 года.

Изначально Боос планировал построить здание из натурального камня, но затем предложил построить его из кирпича "из-за его дешевизны, красоты и долговечности". Он отправил своего руководителя строительства Александра Фаха в Берлин, чтобы тот изучил кирпичную оболочку церкви Фридрихсвердер, которая была построена в 1824-1830 годах по планам Карла Фридриха Шинкеля (1781-1841).

Уже тогда в Висбадене находились критики, которые боролись против нововведений. Такие вопросы, как строительный материал и архитектурный стиль планируемой церкви, были предметом неоднозначных дебатов. Наконец, осенью 1854 года правительство земли обратилось за экспертным заключением к баденскому архитектору Генриху Хюбшу (1795 - 1863), который приезжал в Висбаден на лечение. Боос лично представил ему планы. В своем отчете Хюбш отверг готические архитектурные формы и кирпичное здание как чуждые этому месту и высказался в пользу раннехристианского стиля круглой арки. Он также считал, что башня слишком высока. Однако в конце своего экспертного заключения, которое цитирует искусствовед Клеменс Вайлер, он заявляет, что не сомневается, "что господин Баурат Боос, чью работоспособность я высоко ценю, также построит прекрасную церковь в том виде, в котором он сейчас начал".

Боос не остановился перед возражениями своего коллеги, который был на десять лет старше его и по-прежнему придерживался классического стиля, но увеличил главную башню еще на 60 футов до 300 футов (около 92 метров). То, что он выбрал пять башен, восходит к раннеготической коллегиальной церкви в Лимбурге, которая в 1827 году была возведена в статус кафедрального собора новообразованной епархии Лимбурга и чьи пять башен были увеличены еще на две в 1863 году. Благодаря богатому башнями силуэту Маркткирхе кажется более готической, чем ее модель, Фридрихсвердерская кирха в Берлине, где Шинкель, будучи классицистом, нуждался в башнях для колоколов, но спроектировал их очень низкими.

Однако, как и церковь Шинкеля, работа Карла Бооса также относится к романтическому архитектурному стилю, который сочетает в себе классицистическое чувство массы здания и классицистическую орнаментацию с неоготическими формами. Например, крыши Маркткирхе имеют малый угол наклона и скрыты за галереями, тогда как средневековая готика предпочитала высокие крыши. Весь орнамент главного портала, галерей и мебели также выдержан в классицистическом стиле. Боос защищал готические формы, говоря, что они "преодолеют тяжесть материала, увлекут зрителя вверх или заставят его почувствовать свое скромное существование в смирении" и "полностью выразят христианское чувство". Однако Боос не собирался рабски подражать готическому стилю, поскольку, по его мнению, "образование его времени основывалось скорее на классических исследованиях, чем на определенном религиозном чувстве". Это нашло отражение и во внешнем, и во внутреннем облике здания, в его балансе классицистических и готических принципов дизайна. Нынешняя цветовая гамма интерьера Маркткирхе была восстановлена в 1960-х годах в соответствии с оригиналом, который, по словам самого Бооса, был выдержан в "светло-серо-красноватых тонах", прерывавшихся лишь "белизной капителей и орнаментов".

Великолепные украшения из обожженной глины, "терракоты", на внешней стороне, особенно на главном портале, были изготовлены по эскизам Бооса в "Thonwaaren- und Fayencefabrik" Иоганна Якоба Хёппли.

В апреле 1863 года на хорах были установлены пять мраморных статуй группы Христа-евангелиста работы скульптора Эмиля Александра Хопфгартена, подаренные герцогом Адольфом, который занял свое место на галерее напротив кафедры. Фигура Христа создана по образцу статуи Христа работы Бертеля Торвальдсена (1770 - 1844), которая включена в реверанс церкви Богоматери в Копенгагене. Однако в Висбадене Хопфгартен создал самостоятельное произведение, включив своего Христа в "живую картину" с четырьмя евангелистами. Однако только фигура Христа, безусловно, принадлежит руке Хопфгартена, евангелисты были изваяны его учеником Сципионом Джарделлой.

Орган в Маркткирхе датируется 1863 годом и был построен органостроителями Eberhard Friedrich Walcker & Cie. в Людвигсбурге. Сохранился и оригинальный корпус. После нескольких перестроек и расширений сегодня это один из самых значительных больших романтических органов в Германии.

В 1986 году на главной башне церкви был установлен карильон, который вместе с пятью звонницами состоит из 49 бронзовых колоколов.

Оригинальные окна Маркткирхе были разрушены во время бомбардировки Висбадена 2/3 февраля 1945 года. Существующие цветные окна хора были созданы после Второй мировой войны: центральное - Воскресение Христа - в 1947-1949 годах по проекту франкфуртской художницы Лины фон Шаурот (1874-1970), два боковых - Рождество Христово в 1955 году и Распятие в 1960 году - по планам художника Рудольфа Каттнера. В 2012 году, в год своего 150-летия, Маркткирхе получила три новых окна в южном нефе, которые были спроектированы висбаденским художником Карлом-Мартином Хартманном (*1948) и изготовлены компанией Derix Glasstudios в Таунусштайне. Окна, многослойные в прямом смысле этого слова, охватывают дугу слов и образов от истории сотворения мира до Мартина Лютера и наших дней.

Маркткирхе в Висбадене - первое монументальное кирпичное здание Нассау и, наряду с церковью Фридрихсвердер Шинкеля в Берлине, самый значительный пример неоготической церковной архитектуры в Германии эпохи романтического историзма. Поэтому она была объявлена памятником архитектуры особого культурного национального значения.