Les fosses septiques doivent être étanches afin d'éviter que les eaux usées ne s'infiltrent dans le sol et les eaux souterraines. Les exploitants sont tenus de faire contrôler l'étanchéité des fosses septiques tous les 20 ans par un expert mandaté. Dans les zones de protection des eaux, zone II, l'intervalle de contrôle est de 5 ans, dans la zone III, il est de 10 ans.

L'Office de l'environnement conseille sur la réalisation du contrôle d'étanchéité et sur les questions liées aux problèmes d'exploitation de ces fosses septiques.