Războiul de treizeci de ani a lăsat, de asemenea, urme adânci și devastare în Wiesbaden. Deși suveranul protestant a încercat inițial să rămână neutru, orașul a fost implicat în mod repetat și permanent în tumultul războiului.

Trupele spaniole au trecut prin regiune încă din august 1620. Locuitorii din Wiesbaden au dobândit o "Salva guardia", o scrisoare de protecție, pentru care trupele inamice au plătit scump sub formă de provizii naturale. În anii următori, trupele imperiale, spaniole, suedeze (1631/32) și altele au mărșăluit și au forțat plăți în natură sau au jefuit orașul. Întrucât contele Johannes zu Nassau-Idstein și Wiesbaden s-a alăturat taberei suedeze inițial victorioase, a trebuit să fugă atunci când trupele imperiale s-au întors după înfrângerea suedeză și s-au răzbunat. În 1637, Wiesbaden a devenit parte a orașului Mainz timp de zece ani, dar se spune că arhiepiscopul nu a pus serios în pericol libertatea religioasă în Wiesbaden.

Anul 1644 este considerat "punctul cel mai scăzut" din istoria orașului Wiesbaden, când trupele bavareze au emis din nou o "scrisoare de protecție" pentru oraș, dar l-au jefuit sistematic și au abuzat de locuitorii rămași; se spune că toți locuitorii supraviețuitori au părăsit orașul. Unii s-au întors cu reticență. În 1646, orașul a fost din nou obligat să plătească o contribuție, impusă de căpitanul Engelheimer.

Când contele Johannes de Nassau s-a întors cu puțin timp înainte de sfârșitul războiului, în 1647, mai rămăseseră doar 51 de cetățeni pentru a-i aduce un omagiu în piața pieței. Este posibil ca orașul să mai fi avut câteva sute de locuitori. Se spune că iepurii și găinile cuibăreau în gardurile vii și în tufișurile din piața pieței. Băile erau într-o stare proastă, multe case se prăbușiseră, iar fortificațiile orașului erau complet pustii. Wiesbaden, la fel ca multe alte orașe germane, a avut nevoie de zeci de ani pentru a-și reveni într-o oarecare măsură după catastrofa războiului.

În a doua jumătate a secolului al XVII-lea, prinții de Nassau au avut un oarecare succes în atragerea "noilor compatrioți" din străinătate, de exemplu prin oferirea unei noi case refugiaților religioși francezi (hughenoții), în special la vest de Frankfurt și în ceea ce este astăzi nordul landului Hessa. Această politică a fost un mare succes.

Nu se știe în ce măsură Wiesbaden a fost, de asemenea, afectat de aceste "măsuri de populare" și dacă încercările de a atrage noi coloniști în Wiesbaden prin scutiri fiscale generoase și altele asemenea au avut într-adevăr succes. În orice caz, populația din Wiesbaden nu a crescut semnificativ la sfârșitul secolelor al XVII-lea și al XVIII-lea. Wiesbaden a rămas un oraș agricol destul de neînsemnat până la începutul secolului al XIX-lea. Acest lucru s-a schimbat doar atunci când a devenit capitala Ducatului de Nassau.

Christian Spielmann. Eseuri privind istoria orașului Wiesbaden în secolele XVII-XIX. Ediție îngrijită de: Neese, Bernd-Michael, Wiesbaden 2007 [p. 84 ff.].