Тридесетгодишната война също оставя дълбоки белези и опустошения във Висбаден. Въпреки че първоначално протестантският суверен се опитва да запази неутралитет, градът многократно и трайно е въвлечен в размириците на войната.

Испанските войски преминават през региона още през август 1620 г. Жителите на Висбаден се сдобиват със "Salva guardia" - защитно писмо, за което вражеските войски плащат скъпо под формата на природни запаси. През следващите години през града преминават имперски, испански, шведски (1631/32 г.) и други войски, които налагат плащания в натура или ограбват града. Тъй като граф Йоханес цу Насау-Идщайн и Висбаден се присъединяват към първоначално победоносната шведска страна, той трябва да избяга, когато имперските войски се връщат след шведското поражение и си отмъщават. През 1637 г. Висбаден става част от Майнц за десет години, но се твърди, че архиепископът не е застрашил сериозно религиозната свобода във Висбаден.

1644 г. се смята за абсолютното "дъно" в историята на Висбаден, когато баварските войски отново издават "защитно писмо" на града, но въпреки това системно го разграбват и малтретират останалите жители; твърди се, че всички оцелели жители са напуснали града. Някои от тях се завърнали с неохота. През 1646 г. градът отново е принуден да плаща вноска, наложена от капитан Енгелхаймер.

Когато граф Йоханес Насауски се завръща малко преди края на войната през 1647 г., на пазарния площад остават само 51 граждани, които му отдават почит. Възможно е градът все още да е имал няколкостотин жители. Твърди се, че в живия плет и храстите на пазарния площад са гнездили зайци и кокошки. Баните са били в лошо състояние, много къщи са се срутили, а градските укрепления са били напълно опустошени. На Висбаден, както и на много други германски градове, са били необходими десетилетия, за да се възстанови до известна степен от катастрофата на войната.

През втората половина на XVII в. принцовете на Насау успяват донякъде да привлекат "нови сънародници" от чужбина, например като предлагат нов дом на френските религиозни бежанци (хугенотите), особено на запад от Франкфурт и в днешен Северен Хесен. Тази политика имала голям успех.

Не е известно до каква степен Висбаден също е бил засегнат от тези "мерки за заселване" и дали опитите да се привлекат нови заселници във Висбаден с щедри данъчни облекчения и други подобни са били наистина успешни. Във всеки случай населението на Висбаден не се увеличава значително в края на XVII и XVIII век. До началото на XIX век Висбаден остава по-скоро незначителен земеделски град. Това се променя едва когато става столица на херцогство Насау.

Кристиан Шпилман. Есета за историята на град Висбаден през XVII-XIX в. Под редакцията на: Neese, Bernd-Michael, Wiesbaden 2007 [p. 84 ff.].