تركت حرب الثلاثين عامًا أيضًا ندوبًا عميقة ودمارًا في فيسبادن. على الرغم من أن الحاكم البروتستانتي حاول في البداية البقاء على الحياد، إلا أن المدينة انخرطت مرارًا وتكرارًا في اضطرابات الحرب.

مرت القوات الإسبانية عبر المنطقة في وقت مبكر من أغسطس 1620. وقد حصل سكان فيسبادن على "سالفا غارديا"، وهي عبارة عن رسالة حماية، وقد دفعت قوات العدو ثمناً باهظاً في شكل إمدادات طبيعية. في السنوات التالية، زحفت القوات الإمبراطورية والإسبانية والسويدية (1631/1631/32) وغيرها من القوات الأخرى عبر المدينة وأجبرتهم على دفع مبالغ عينية أو نهبتها. وانضم الكونت يوهانس زو ناساو-إدشتاين وفيسبادن إلى الجانب السويدي المنتصر في البداية، إلا أنه اضطر إلى الفرار عندما عادت القوات الإمبراطورية بعد هزيمة السويد وانتقمت منه. في عام 1637، أصبحت فيسبادن جزءاً من ماينز لمدة عشر سنوات، ولكن يُقال إن رئيس الأساقفة لم يعرض الحرية الدينية في فيسبادن للخطر بشكل جدي.

يُعتبر عام 1644 "نقطة الانحطاط" المطلقة في تاريخ مدينة فيسبادن، عندما أصدرت القوات البافارية مرة أخرى "خطاب حماية" للبلدة، ولكنها استمرت في نهبها بشكل منهجي والتنكيل بالسكان الباقين؛ ويقال إن جميع السكان الناجين غادروا المدينة. عاد بعضهم على مضض. في عام 1646، أُجبرت البلدة مرة أخرى على دفع مساهمة فرضها النقيب إنغلهايمر.

عندما عاد الكونت يوهانس أوف ناسو قبل نهاية الحرب بفترة وجيزة في عام 1647، لم يتبق سوى 51 مواطناً فقط ليقدموا له التحية في ساحة السوق. ربما كان لا يزال في البلدة بضع مئات من السكان. ويقال إن الأرانب والدجاج كانت تعشش في الأسيجة والشجيرات في ساحة السوق. كانت الحمامات في حالة سيئة، وكانت العديد من المنازل قد انهارت، وكانت تحصينات المدينة مقفرة تمامًا. استغرقت فيسبادن، مثلها مثل العديد من المدن الألمانية الأخرى، عقودًا من الزمن لتتعافى إلى حد ما من كارثة الحرب.

في النصف الثاني من القرن السابع عشر، نجح أمراء ناسو إلى حد ما في استمالة "المواطنين الجدد" من الخارج، وذلك على سبيل المثال من خلال تقديم موطن جديد للاجئين الفرنسيين المتدينين (الهوغونوت) خاصة غرب فرانكفورت وفي ما يعرف الآن بشمال هيسن. حققت هذه السياسة نجاحًا كبيرًا.

ومن غير المعروف إلى أي مدى تأثرت فيسبادن أيضاً بهذه "التدابير السكانية" وما إذا كانت محاولات جذب مستوطنين جدد إلى فيسبادن بإعفاءات ضريبية سخية وما شابه ذلك كانت ناجحة حقاً. على أي حال، لم يزد عدد سكان فيسبادن بشكل كبير في نهاية القرنين السابع عشر والثامن عشر. وظلت فيسبادن مدينة زراعية غير مهمة إلى حد ما حتى بداية القرن التاسع عشر. ولم يتغير هذا إلا عندما أصبحت عاصمة دوقية ناسو.

كريستيان سبيلمان مقالات عن تاريخ مدينة فيسبادن في القرنين السابع عشر والتاسع عشر. تحرير: نيز، بيرند مايكل، فيسبادن 2007 [ص 84 وما يليها].